Salut,
Les atteintes peuvent être multiples.
Normalement "embarras gastrique" puis fièvre et autre joyeuseté dans les jours qui suivent. Cela peut suffire à "purger" ou pas (selon la dose reçue, l'état du système immunitaire, l'état de son tube digestif, la souche...).
Mais tu peux aussi avoir été infecté par la douve ou autre parasite et cela prendra plus longtemps avant de ressentir les symptômes. Il y a le cas des toxines qui vont te rendre malade rapidement. Reste les intoxications aux métaux lourds ou autres molécules qui passeront inaperçues mais risquent de s'accumuler tout au long de ta vie et finir par poser des problèmes.
Normalement ce qui est le plus à craindre ce sont les pollutions par matière fécales humaines (puisque là tu deviens une partie du cycle qui comprend normalement l'humain). Risque moindre chez nous car peu de gens sont malades en temps normal. Le second risque ce sont les parasites venant d'animaux d'élevages ou non et qui te refilent un truc opportuniste.
La prévention classique "sans rien d'autre" * c'est de boire de l'eau claire et limpide en l'absence de troupeau au dessus et dans des endroits peu fréquentés par les humains et ne recevant donc pas leurs déjections (directement ou non penser au cône de collecte). Se méfier particulièrement des suites d'orages finissant une longue période sèche. Les eaux "vives" ne seraient pas obligatoirement plus potable que les "stagnantes" de surface du moins en altitude (à limpidité, goût et odeur équivalente bien sûr).
Un exemple de truc sympa et très classique : l'amibiose.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Am%C5%93bose* Donc une pratique à la c*n en 2013 maintenant que l'on est informé des risques objectifs, mais parfois nécessaire sachant que la vraie soif tue plus vite que le reste et que l'on n'est pas toujours raisonnable.