J'ai fais le contraire pendant plus de 10 ans
C'est un choix... dicté par quelle raison?
Avec le temps, le cirage pénètre le cuir, la fameuse couche de plastique doit se barrer au bout d'un moment et la graisse de phoque est parfaite pour rendre les coutures étanches pour les temps humides.
Si la fameuse couche de plastique se barre, tu le verras rapidement puisque la chaussure ne sera plus noire mais brune.
La graisse de phoque peut effectivement protéger de la pluie au niveau de coutures, puisqu'elle imprègne le cuir et donc empêche l'eau de rentrer. En revanche, la graisse ne séchant pas, elle a tendance à aimer la poussière.
Contrairement à une idée reçue, le cirage ne pénètre pas le cuir. Pour s'en convaincre, une expérience simple suffit: prends du cirage presque liquide, fais-le chauffer au soleil et ensuite applique le sur un cuir brut... laisse sécher, et tu constateras que le cirage durci (il ne peut donc pas assouplir le cuir...). Ensuite, un petit coup de toile émeri sur le cirage et tu constateras que, même tiède et liquide, il ne pénètre au plus que sur un demi-millimètre.
Pour détailler un peu plus voilà comment je procédais:
-Un coup de cirage tous les jours (pas le choix)
-Un coup de graisse toutes les semaines, plus souvent pendant les saisons humides ou juste avant une "ballade" de plusieurs jours en foret.
-En cas de temps très humide prolongé (climat tropical) graisser légèrement l’intérieur de temps en temps. Cet oubli m'a valu une fois l’apparition d'une mousse verte sur tout l’intérieur des BMJA en une seule nuit, rangées dans mon placard, en climat tropical.
La graisse à l'intérieur, oui, car un corps gras imprègne le cuir et empêche que la transpiration ou l'humidité pourrisse le cuir et le rende cassant en séchant. Pour cet usage, l'huile de pied de bœuf est plus adaptée car elle pénètre plus vite le cuir et tu peux mettre le paquet sans risquer d'avoir les chaussettes telle la frite moyenne
J'ajoute une petite astuce pour ceux qui possèdent des BMJA pas encore faites à leur pied, un peu étroites, dures car stockées trop longtemps:
Vous les enfilez, comme si vous partiez en rando, ensuite, passez une généreuse couche de graisse de phoque sur toute les surfaces en cuir et partez marcher une petite heure avec. Ça devrait détendre le cuir et les "mouler" sur votre pied. J'ai toujours procédé comme ça avec des paires neuves et je peux vous dire que ça évite des heures et des heures de galères et de souffrance.
L'usage de graisse noire était conseillé sur les BMJA en cuir brut datant de la guerre d’Algérie (photo ci-dessous) car la graisse pénétrait le cuir (ce qui n'est pas le cas du cirage) et colorait durablement la chaussure.
L'histoire de la pellicule de plastique pour les BMJA noirs était méconnue jusqu'à peu car cette pellicule était bien posée et tenait au cuir toute la vie de la chaussure. Depuis quelques années, l'armée a acquis des BMJA de fabrication moins sérieuse qui ont tendance à peler toute seule.
Donc, l'usage de graisse par l'extérieur pour assouplir ou nourrir le cuir est maintenant aussi efficace qu'un placébo (même si des générations de militaires ont transmis la consigne,héritée de l'Algérie, que c'était le meilleur moyen pour "faire la rangers").
Concernant ta façon de faire, ce n'est pas la graisse mais l'action combinée de la chaleur du pied et de l'humidité de la transpiration qui a formé le cuir à ta morphologie (ce n'est pas un hasard si on trempe le cuir dans l'eau chaude avant de le préformer pour en faire, par exemple, un étui à couteau). Au départ, le fait de marcher une heure puis de laisser reposer permet d'aérer la chaussure et de ne pas pourrir le cuir de transpiration d'un seul coup.

Expérience purement personnelle: je n'ai jamais eu de problème de transpiration sous climat continental avec des BMJA, en adaptant mes chaussette selon la météo et la saison.
Tout le monde transpire des pieds... plus ou moins. Pour certains, cela peut être un problème (transpiration excessive, odeurs, mycoses, etc...). Pour les autres, ça passe inaperçu.
EDIT:
Tu déconseilles par température négative et/ou sol enneigé, soit, mais peux-tu en donner les raisons cela serait plus formateur. Pour avoir lu Paul Emile Victor je sais que la neige brûle le cuir et le rend cassant...
Effectivement, les cristaux de neige sont très abrasifs, donc ont tendance à éliminer rapidement tout traitement de surface, à commencer par le cirage. J'ai souvenir d'une paire qui avait été usée par endroits à force de ramper et laissait apparaître le cuir brut. Malgré un cirage quotidien (avec du cirage de très bonne qualité), un passage de 10 minutes dans la neige suffisait pour laisser apparaitre le cuir brut. Et une fois que la couche de cirage a été éliminée, le cuir s'humidifie très rapidement avec tous les problèmes thermique que ça implique.
Dans ces cas là, la graisse pénétrant le cuir permet une meilleur protection (c'est d'ailleurs le traitement préconisé pour les chaussures de montagne), mais encore une fois, c'est illusoire sur les BMJA récents qui ne laissent pas rentrer la graisse... en revanche, aucun problème pour laisser l'eau pénétrer!!!