Les clefs USB pourront exister encore dans 40 ans, du moins on pourra encore les lire, maintenant qu'on a compris le problème de savoir encore lire les données.
Les disquettes 5" d'il y a 30 ans, on ne savait pas encore que les supports pourraient changer si rapidement.
Parier sur l'existence de l'USB dans 40 ans me paraît bien aléatoire : les technologies évoluent de plus en plus vite.
Il y a 40 ans le nec plus ultra du stockage informatique était les grosses bandes dans de grandes armoire façon magnétophone géant (cf. vieux films). Même en supposant que le contenu des bandes soit encore intact je doute que l'on trouve encore de quoi les lire (pour un tarif raisonnable sans passer par une équipe d'experts archéologues).
Plus généralement il n'existe aujourd'hui plus aucune connectique compatible avec les standards les plus répandus il y a 40 ans. Seul le port série RS-232 subsiste laborieusement grâce à des convertisseurs USB-RS232 (avec de grosses galères pour arriver à dialoguer avec de vieux périphériques aux protocoles quasiment inconnus).
Je ne vois pas par quel miracle l'USB échapperait à cette obsolescence : la compatibilité ascendante des formats dépasse rarement 3 ou 4 versions d'une même technologie. L'USB a déjà 18 ans : il s'agirait alors d'une technologie vieille de 58 ans !

Pourquoi la connectique USB échapperait à la miniaturisation, à la multiplication des débits, aux interfaces sans contacts ?
Le FireWire et le SCSI étaient des standards plus évolués que les concurrents de l'époque (principalement USB et IDE) mais leur durée de vie n'a pas atteint 2 décennies.
Il y aura peut-être quelques rares archéologues de l'informatique avec des machines à ports USB encore en état de marche, mais l'opération est-elle rentable pour de simples "mémoires de quartier" ?
Même en supposant qu'on trouve encore quelques ports USB exploitables, comme le souligne Kastor : la probabilité que la clé soit encore en état de marche est très faible. Je ne connais aucune clé en état de marche 10 ans plus tard. Toutes mes clés ont lâché en moins de 10 ans même pour celles ayant très peu servi et dormi des années dans des tiroirs. Elles deviennent alors 100% illisibles.
Même si on trouve un port USB et que la clé a survécu : qui aura encore un système d'exploitation avec des drivers compatibles avec l'électronique de la clé, capable de lire son système de fichiers et de traiter les données ? Quelle application pourra encore décoder un .JPG ou un .AVI dans 40 ans ?
Une stratégie d'archivage à long terme implique d'archiver les données en conservant en état de fonctionnement les machines capables de lire les supports et traiter ces données. Lorsque les technologies évoluent on migre périodiquement sur des supports et machines plus récents en ayant recours à l'émulation pour la partie logicielle exploitant les données.
Il y a donc beaucoup trop de variables pour pouvoir sérieusement espérer relire le contenu d'une clé USB dans 40 ans...