Comment récupérer ses graines, pour un potager?

[promeneur4d]

Salut Madudu,
pleins de bonnes infos, mais je suis pas toujours d'accord. 

les variétés hybrides ne sont pas stériles, elles sont seulement hybrides !

oui, mais de plus en plus d'hybrides sont des hybrides cms. Donc des culs de sacs genetiques.

Dans tous les cas les variétés hybrides sont plus vigoureuses et rustiques que des lignées pures,

Que les varietés d'origine (depressives) ou qu'une varieté OP avec une diversité genetique large?
le premier je suis d'accord, le deuxieme pas. cf texte du dessous

les quelques graines de courges d'un sachet Kokopelli ne suffiront pas à la constitution d'une variété population

Les courges sont tres peu sensibles a la depression de consanguinité. ProSpecieRara et ArcheNoah disent qu'une dizaine de plantes sont suffisantes chez les courges.

il faut au moins 600 géniteurs différents chaque année en maïs

D'ou as tu ce chiffre? Dans mes diverses sources j'ai 100 a 200
(Tu connais la regle des 50 / 500? Utilisé en ecologie de conservation, statistiquement 50 individus sont necessaires pour eviter une perte de genes a court terme, 500 a long terme)

Produire une véritable variété population est simplement impossible,

Je suis pas d'accord.
1) tu peux faire voyager tes graines (troc partiel avec quelques personnes qui ont la meme varieté/population que toi)
2) 50 - 100 individus ne prennent pas enormement de place chez certaines especes. (carotte... )

encore un petit texte a lire:
http://www.semencespaysannes.org/bdf/bip/fiche-bip-17.html

Certains (selectionneurs...) remettent en cause l'effet d'heterosis, autre que la compensation de la depression due a la consanguinité.

[Madudu]

Salut 

La CMS (Cytoplasmic Male Sterilty = Stérilité mâle cytoplasmique) n'est porté que par l'un des deux parents pour l'obtention d'hybrides chez les espèces dont l'architecture n'autorise pas la castration des fleurs mâles. Elle ne se retrouve pas chez les F1, sinon ils ne pourraient pas fructifier (j'imagine qu'il s'agit d'un allèle récessif)... Je ne connais pas bien le sujet, mais il me semble que les F2 ne seront que dans les 25 % à la porter, et que ce caractère ne présente donc pas un frein à la reproduction des autres générations. Si j'ai dis des conneries tu me reprends. 

Quand j'écris que les variétés hybrides sont plus vigoureuses et rustiques que les lignées pures, je ne parle pas seulement des lignées parentales, mais également des variétés de lignées pures commercialisée pour la production non-semencière. Il s'agit là d'un fait indéniable, mais il me semble que tu es d'accord avec moi là-dessus
Maintenant, si on doit comparer une variété hybride avec une population ça devient ardu. On ne compare plus deux peuplements homogènes (tous les individus sont quasiment identiques) mais un peuplement homogène et un peuplement hétérogène (quasiment tous les individus sont différents). Cela signifie que suivant que l'on compare les individus ou les peuplements la conclusion sera différente :

-À l'échelle de l'individu les variétés hybrides ou même de lignées pures sont supérieures aux variétés populations . C'est pour ça qu'on a renoncé à elles dans les pays développés ! Grosso modo une lignée pure, c'est un ensemble d'individus portant le même patrimoine génétique mais se reproduisant par reproduction sexuée tout à fait normalement et conservant ses caractères génération après génération. Les sélectionneurs ont opté pour ce genre de variétés car cela revient plus ou moins à prendre le meilleur individu d'une population et à le semer dans un champ entier (il est forcément supérieur à l'individu moyen d'une population). Une variété hybride c'est grosso modo le meilleur croisement de deux lignées pures, obtenu dans des essais sur des milliers de croisements : l'hybride obtenu sera forcément plus performant qu'une lignée pure, donc également beaucoup plus performant qu'un individu « moyen » issu d'une population. Dans les deux cas (hybride et lignée pure) le principe est de ne semer que les individus exceptionnels à tout point de vue, y compris celui de la résistance aux maladies et aux ravageurs. Par contre, le ravageur et la maladie n'ayant qu'un seul génotype en face d'eux ils sera aisé pour eux de déjouer les mécanismes de défenses qu'ils rencontrent. La sensibilité aux maladies ne vient donc pas du génotype de l'individu, mais de l'absence de variabilité génotypique du peuplement.

-À l'échelle du peuplement il est très difficile de comparer de manière pertinente une variété moderne (qu'elle soit hybride ou de lignée pure) avec une variété population. Si on devait le faire quand même, je crois qu'on devrait se contenter de deux remarques : d'abord que la population aura un potentiel de rendement (rendement quand tout va bien) bien moindre qu'une variété moderne (pour les raisons citées ci-dessus) mais aura potentiellement de meilleurs rendements en mauvaises conditions (surtout si beaucoup de ravageurs/maladies). Donc si on veut se passer de la chimie, la population est intéressante : on a pas besoin d'un potentiel très élevé puisqu'on a pas assez de NPK pour y arriver, et on a besoin d'une bonne résistance aux maladies et ravageurs puisqu'on ne va pas les génocider plusieurs fois dans l'année. Maintenant si on rêve d'une agriculteur à la fois sans chimie et productive, je pense qu'on devra s'inspirer de la sélection moderne pour améliorer les populations : en fait introduire de la génétique moderne dans les populations anciennes (en tous cas si on reste sur les mêmes cycles de culture). Avant ça, faut quand même trouver les engrais qui permettront des rendements élevés, et en 0 chimie c'est pas gagné.


Un variété population c'est un ensemble de génotypes plus ou moins apparentés, mais suffisamment diversifiés pour ne pas évoluer petit à petit vers une lignée pure. Avec 10 génotypes différents au départ et même en admettant qu'aucun d'entre eux n'est apparenté à un autre, il ne doit pas falloir très longtemps pour se retrouver avec une lignée. Pour moi c'est pas ça une population, même dans le cas où il n'y a pas de dépression de consanguinité. J'ai affirmé que la courge souffrirait de cette consanguinité parce qu'elle est préférentiellement allogame et qu'en règle générale les espèces de ce type sont sensibles à la consanguinité (et je pense qu'au bout de 10 générations ça doit déjà bien se voir). Peut-être que la courge fait exception, je suis partie d'une loi générale sans vérifier le cas particulier . Deux liens pour appréhender cette loi:
 
http://fr.wikipedia.org/wiki/D%C3%A9pression_endogamique

http://books.google.fr/books?id=M7iQF2sDmjoC&pg=PT115&lpg=PT115&dq=d%C3%A9pression+g%C3%A9n%C3%A9tique+plante&source=bl&ots=6aP-xfq2wt&sig=n9MLB3cdYrtSlXTQgIALB1evyGE&hl=fr&sa=X&ei=cvxnUtaCD8LV0QXlsYD4Dw&ved=0CDwQ6AEwAg#v=onepage&q=d%C3%A9pression%20g%C3%A9n%C3%A9tique%20plante&f=false   


Le coup des 600 géniteurs c'est pour mémoire (je me demande si c'est pas 800), lu dans la brochure éditée par le réseau semences paysannes « L'Aquitaine cultive la Biodiversité : 10 ans d'expériences et d'expérimentation sur les variétés paysannes de maïs et de tournesol ». C'est un chiffre qui correspond à une conservation au moins à moyen terme, mais en sélection de population je vois pas comment on peut raisonner autrement qu'à long voir très long terme.

Maintenant tu peux tenter une sélection sur une population dont tu ne conserve que 50 ou 100  géniteurs chaque génération, mais à mes yeux il ne s'agit pas d'une véritable population. C'est une question de définition, et pour moi une population doit avoir une très grande variabilité génétique et doit pouvoir la conserver à l'échelle du siècle (c'est un minimum). C'est pas possible avec 100 géniteurs 

Je veux bien répondre à l'article dont tu donnes le lien à la fin de message, mais un petit résumé de la thèse qui est soutenue et ses principaux arguments serait quand même bienvenu 

[promeneur4d]

Re,

Si j'ai dis des conneries tu me reprends.   

je te reprend. 
Pour les cms il faut oublier Mendel, avec la dominance et la rececivité. Ces genes sont dans le cytoplasme, donc toujours transmis par la plante mere.
Il y a, (sauf chez les especes ou c'est transmis artificiellement par fusion de protoplastes, genre choux avec cytoplasme de radis) des genes restaurateurs transmis "normalement", donc comme tu l'as apris avec Mendel.

Maintenent qu'est ce qui est homogene, et qu'est ce qui est heterogene?
Je cherche et parle toujours d'homogeneité fonctionelle, (que tout soit mur en meme temps par exemple, ou que tout le maïs soit a pop-corn), avec le plus d'heterogenité possible pour les autres caracteres.
Ceci donnera une varieté non conforme aux criteres DUS.

je crois qu'on devrait se contenter de deux remarques : d'abord que la population aura un potentiel de rendement (rendement quand tout va bien) bien moindre qu'une variété moderne (pour les raisons citées ci-dessus)

Sauf si tu commence ta population avec x varietés modernes. Donc de ligniée pures, consanguines, ce qui te permet d'eliminer une grande partie des genes letaux ou qui diminuent la productivité.

Maintenant si on rêve d'une agriculteur à la fois sans chimie et productive,

La je suis pas du tout d'accord.
Un petit texte (en englais desolé, mais y a beaucoup d'images)  sur une comparaison longue durée bio/conventionel
Sinon l'etude "agriculture at a crossroads 2008" dirait la meme chose. Mais je l'ai pas encore lu. 

(ton lien googlebooks fonctionne pas chez moi)

(Sinon mp, pas de resumé...) 

[Madudu]

Si j'ai bien suivi, au final il est possible de reproduire une variété CMS, tu confirmes ?

L'hétérogénéité d'une population que l'on destine à une sélection sur le long terme (durée de vie potentiellement sans limite) doit être hétérogène pour la quasi-totalité des caractères, y compris la date de maturité. Il n'y a que très peu de caractères que l'on peut considérer comme liés à la domestication finalement (résistance à l'égrenage, absence plus ou moins totale de dormance chez la graine, augmentation de l'indice de récolte, et c'est à peu près tout non ?). Il vaut mieux avoir de la variabilité pour la date de maturité, car sinon la population ne pourra pas adapter la longueur de son cycle au pédoclimat. Il vaut mieux avoir une bonne résistance à l’égrenage, qui permet de récolter les types précoces en même temps que les types tardifs tout en limitant les pertes.

La population ne doit donc pas être trop "optimisée" pour un pédoclimat et un itinéraire cultural, sinon on perd une partie de sa résilience : c'est précisément parce que tous les individus ne sont pas optimaux pour les conditions actuelles que l'on peut espérer que la population puisse s'adapter à d'autres conditions.

Former des populations à partir des variétés modernes est effectivement, en tout cas c'est mon opinion, une bonne option. Mais il faudra quand même avoir recours à des variétés anciennes pour apporter de la diversité génétique, car les variétés modernes sont issues d'un goulot d'étranglement génétique assez sévère. Et là ça va être coton de faire des choix en connaissance de cause, car il ne doit pas y avoir beaucoup d'infos sur l'ascendance des variétés populations. La solution la plus sûr serait de prendre tout ce qu'on trouve et de ne pas sélectionner pendant quelques générations le temps qu'il y ai un peu de brassage. De ce point de vue les espèces autogames sont handicapées, et il faudrait s'intéresser de prêt à la sélection de types davantage allogames quand c'est possible. Sinon, se concentrer sur les espèces allogames, auquel cas il ne reste que le seigle en céréale d'hiver... reste à savoir dans quelle mesure les variétés modernes ont été sélectionnée sur une autogamie stricte : au XIXe siècle ils disent à peu près tous la même chose, à savoir qu'au bout de 3 ans une population de céréale que l'on a apporté d'ailleurs est revenu au type locale. Il y avait donc très probablement un taux d'allogamie résiduelle supérieure chez les variétés de céréales anciennes.

On ne peut nier que l'absence de chimie est un sérieux frein à la productivité, surtout sous nos climats : il faut disposer de grandes quantités d'engrais très "rapides" type fientes de volaille pour que les rendements en culture d'hiver ne soient pas limité par l'alimentation minérale en début de printemps. L'absence de contrôle direct sur les ravageurs et les maladies sera toujours un frein également, même si avec une rotation longue et des pratiques culturales adaptées on peut limiter le problème. A l'échelle d'un paysage les engrais chimiques sont aussi difficilement remplaçables si les produits agricoles sont vendus à l’extérieur : il s'agit d'un problème de premier ordre si on aspire à maintenir une productivité élevée, car avant l'usage en grand des phosphates et des guanos la plupart des sols français étaient déficients en phosphore entre autre à cause de ça.

Pour revenir au sujet du topic, concrètement faire ses semences pour des raisons économiques ou pour ne serait-ce qu'apprendre à le faire ça se justifie complètement. Par contre il faudra acheter des semences ou en échanger régulièrement pour les espèces allogames, et ne pas trop espérer sur la portée des sélections qu'on peut faire. Si on veut vraiment se lancer dans une population, il faut trouver la diversité génétique, cultiver en grand et avoir des notions de base en génétique, en physiologie végétale et avoir du temps pour ça (sélectionner c'est bien plus que ressemer ses propres graines). 

Pour trouver le passage du google-book (chez moi le lien fonctionne) cherchez "Hétérosis et variétés hybrides en amélioration des plantes", c'est à partir de la page 103.

[promeneur4d]

Si j'ai bien suivi, au final il est possible de reproduire une variété CMS, tu confirmes ?

oui et non. Si pour l'espece X tu as une varieté Y petite et ameres, et que tu as une varieté CMS Z grande et douce, tu peux croiser Y comme mâle avec Z comme femelle. La F1 sera moyenne et mi-douce (disons, hein  ) L'année d'apres, les F1 tu peux que les prendre comme femelle, de nouveau, vu que la CMS est transmis de plante mere en fille. Il faut donc de nouveau les croiser avec Y.
Donc tu as en F2 des plantes 0.75 petites et 0.75 ameres (je sais, je simplifie... mais disons que c'est des genes quantitatifs, pour la taille des fruits c'est meme correct)

En F5 tu as 97 % des genes de Y, mais toujours pas de pollen.
En F10 tu as 99.9 % des genes de Y, ...

au XIXe siècle ils disent à peu près tous la même chose, à savoir qu'au bout de 3 ans une population de céréale que l'on a apporté d'ailleurs est revenu au type locale. Il y avait donc très probablement un taux d'allogamie résiduelle supérieure chez les variétés de céréales anciennes.

Peut-etre, mais il faut pas oublier l'epigenetique. L'article wikipedia est pas super je trouve. En gros, certaines etudes d'epigenetique montrent que Lamarck avait pas tout a fait tort, quand il disait que le fils du forgeron avait des plus gros muscles parce que son pere tapait sur le fer.
Des etudes avec des plantes ont montré ca: un clone etait planté dans un sol avec beaucoup de sel, l'autre dans un sol pas salé. Les graines issues de celui qui a poussé dans le sel etaient plus tolerantes au sel, alors qu'elles avaient le meme adn.
Sur le resaux semencespaysannes il y avait aussi un paysan qui a sorti une varieté de blé d'une banque de genes: premiere année, tous couchés. Deuxieme année, un peu relevés. Troisieme année, aucun epi ne touchait le sol. L'auteur l'explique avec l'epigenetique, il n'aurait rien selectionné. Je retrouve plus l'article, desolé. Peut etre sur un autre site?

On ne peut nier que l'absence de chimie est un sérieux frein à la productivité, surtout sous nos climats

Si 
On peut dire qu'avec notre systeme d'agriculture actuel l'absence de chimie est un frein, mais pas generalement. C'est plustot le contraire.
http://www.ithaka-journal.net/erdbeeren-kurbisse-und-huhner-zwischen-den-reben-der-weingarten-als-mischkultur
tu parles probablement pas allemand, mais regarde les images. C'est un article de l'institut Ithaka, sur les recherches pour rentabiliser les terres habituellement tuées au Roundup entre les vignes. Feves, courges, haricots, patates, poules, moutons, biomasse pour silage, ...
Dans l'agriculture chimique tu peux pas le faire. La raison qui empeche la mise en place a grande echelle est le cout de la main-d'oeuvre: c'est pas rentable car ils doivent trop marcher. 

Un autre fait: il y a une corelation negative entre la taille d'une exploitation et sa productivité: Plus une expoitation est petite, plus la surface est productive.

Pour trouver le passage du google-book (chez moi le lien fonctionne) cherchez "Hétérosis et variétés hybrides en amélioration des plantes", c'est à partir de la page 103.

Merci, trouvé. Donc ca s'apelle fardeau genetique ce que j'essayais d'expliquer avant. (ca fait plus de 4 ans que je cause francais quasi que sur ce forum...)

[Madudu]

Donc en fait, on peut modifier et reproduire une variété CMS par sélection en la croisant avec d'autres, mais jamais il n'y aura pas de flux génétique d'elle vers les autres. Est-ce que c'est le cas de toutes les CMS ? J'ai pas saisi la différence que ça fait, que la CMS soit introduite artificiellement ou non.

J'ai entendu parlé de l'épigénétique, mais j'avoue que cette notion n'a pas retenue mon attention même si j'étais sur le cul quand je l'ai découverte  . Il me semble qu'elle n'apporte pas grand chose en sélection "artisanale" d'une population, car la graine qui fait semence est cultivée dans les conditions de cultures de la graine qui fait récolte : et pour cause ce sont les mêmes ^^ . Pour les espèces maraîchères ça peut avoir un intérêt, mais je vois pas comment distinguer génétique et épigénétique sans un sacré arsenal technologique. Par contre, si on connaissait quelques mécanismes en jeu dans l'expression de ceci ou cela, une application pratique pourrait en découler : est-ce que tu connais un truc dans le genre ? Notamment, tu en parles en réponse à une remarque sur le taux d'allogamie résiduelle des céréales anciennes, est-ce que tu connais des leviers susceptibles d'exprimer une épigénétique qui influence le taux d'allogamie chez les autogames ? 

Sinon, on va peut-être pas faire un débat sur les différents modèles possibles en agriculture ici (un fil sur CR ?) 
Je répond quand même  Indépendamment du reste, la chimie permet de faire des rendements plus élevés que du bio : rien que parce qu'on dispose d'azote rapidement assimilable pour le printemps et qu'on dispose de phosphore assimilable (surtout important pour les cultures dont la graine est récoltée). Ça veut pas dire qu'on ne pourrait pas leur substituer des engrais organiques, mais ça donne la possibilité de simplifier le système et donc de le rendre plus flexible (une forme de résilience non durable si on veut  ). D'ailleurs dans les faits le bio fait 1/3 à moitié moins de rendement que le chimique. Il pourrait faire mieux avec plus de main d'oeuvre, clairement : mais quel que soit le degré de mécanisation, la chimie apporte un plus en rendement (pas forcément en terme d'économie ou de viabilité écologique, ou de santé humaine et animale, etc).


Pour revenir à des choses un peu plus concrètes, tu penses vraiment qu'un particulier qui fait son jardin peut faire ses semences pendant 30 ans pour toutes les espèces qu'il cultive ? Si c'est pas le cas ( ), à quelles conditions il peut le faire pour quelques groupes d'espèces (échanges de graine...) ?

[promeneur4d]

Donc en fait, on peut modifier et reproduire une variété CMS par sélection en la croisant avec d'autres, mais jamais il n'y aura pas de flux génétique d'elle vers les autres. Est-ce que c'est le cas de toutes les CMS ? J'ai pas saisi la différence que ça fait, que la CMS soit introduite artificiellement ou non.

+- oui.
Chez les especes ou elle apparait naturellement, il y a des genes réstaurateurs qui permettent d'utiliser la plante comme père. (Parfois en stressant la plante, tu peut produire du pollen.)

Il me semble qu'elle n'apporte pas grand chose en sélection "artisanale" d'une population, car la graine qui fait semence est cultivée dans les conditions de cultures de la graine qui fait récolte : et pour cause ce sont les mêmes

Si, justement: en recoltant tes propres graines, tu adapte la plante a ton climat, ton sol, tes conditions. Donc c'est plus resilient => CR

Pour les espèces maraîchères ça peut avoir un intérêt, mais je vois pas comment distinguer génétique et épigénétique sans un sacré arsenal technologique.

Faut il tout savoir?  Tant que je sais qu'une plante qui a fait ses graines chez moi est plus adaptée. ok, pas tres scientifique tout ca 

 

est-ce que tu connais des leviers susceptibles d'exprimer une épigénétique qui influence le taux d'allogamie chez les autogames ?

Aucune idée si c'est de l'epigenetique ou pas, mais chez la feve (ok, c'est pas un autogame) plus le taux de consanguinité est grand, plus le taux d'autofécondation est bas. La plante se protege elle meme.

D'ailleurs dans les faits le bio fait 1/3 à moitié moins de rendement que le chimique.

La c'est la question qu'est ce que biologique veut dire. Pour moi, c'est en suivant la logique de la vie. Pour d'autres, c'est juste de l'agriculture conventionelle sans les pesticides. Pour l'instant ces rendements moindres que tu cites sont du fait que c'est le deuxieme cas.

Organic yields match conventional yields.

Organic outperforms conventional in years of drought.

Organic farming systems build rather than deplete soil organic matter, making it a more sustainable system.

Organic farming uses 45% less energy and is more efficient.

Conventional systems produce 40% more greenhouse gases.

Organic farming systems are more profitable than conventional.

pour citer l'institut rodale, qui fait depuis 30 ans une comparaison bio/conventionel (je l'avais pas deja cité, celui la?) http://rodaleinstitute.org/our-work/farming-systems-trial/farming-systems-trial-fst-fast-facts/
il y a le rapport complet sur le site
Traduction

Bio produit autant que conventionel
Bio produit plus les années de secheresse
Bio "construit" de la matiere organique a la place de la degrader, c'est donc un systeme plus durable.
Bio utilise 45% moins d'energie et est plus efficient
Le conventionel produit 40% plus de gaz a effet de serre

tu penses vraiment qu'un particulier qui fait son jardin peut faire ses semences pendant 30 ans pour toutes les espèces qu'il cultive ? Si c'est pas le cas ( ), à quelles conditions il peut le faire pour quelques groupes d'espèces (échanges de graine...) ?

S'il a du temps et de la place oui, mais ca ne fait aucun sens que tout le monde le fasse. Genre avec des choux, il te faut disons 50 plantes (ok discutable aussi, 15 selon http://www.arche-noah.at/etomite/assets/downloads/Kulturpflanzenvielfalt/Leitfaden_fuer_ARCHE_NOAH_ErhalterInnen.pdf p. 28 brassicacea colonne E. ou 20 minimum absolu selon http://realseeds.co.uk/kale.html )
ca te prend enormement de place, et tu as beaucoup plus de graines que tu peux utiliser en 5 ans. C'est donc bien si tu te met avec ton village, et vous dites 2014 Henry fait des graines de choux frisé pour le village, 2015 Pierre des choux de Bruxelles, et qu'il y ait de l'echange.

J'espere que la partie cms est claire, sinon on pourrait ouvrir un autre fil.

[Madudu]

A propos des CMC, petit récapitulatif :
-Pas de production de pollen
-Deux cas de figure : soit le gène est "naturellement" présent chez l'espèce soit il ne l'est pas.
-Dans le premier cas il suffit de croiser la variété CMS avec une autre qui ne l'est pas pour propager sa génétique.
-Dans le second cas il n'est pas possible de propager sa génétique à une autre lignée/population.
-Tu rectifies au besoin 


En fait on est d'accord, l'épigénétique c'est hallucinant dans le principe mais y a aucune conséquence concrète en sélection massale pour une culture commerciale dans les mêmes conditions que la culture de semences.

Je peux avoir la source pour le cas de fève ? Ça m'intéresse 


C'est certain qu'on a de la marge de manoeuvre pour faire davantage de rendement en bio, après c'est comme en conventionnel faut voir si c'est rentable. On pourra proposer ce qu'on veut, si c'est pas rentable on le verra pas dans les champs et c'est normal : qui travail pour perdre de l'argent ou pour en gagner moins ? Quelques passionnés, c'est-à-dire grosso modo personne.

[promeneur4d]

reponse rapide:

-Dans le premier cas il suffit de croiser la variété CMS avec une autre qui ne l'est pas pour propager sa génétique.

Non. Il faut qu'il y ait un gene "restaurateur" dans l'autre varieté.

culture commerciale dans les mêmes conditions que la culture de semences

C'est la consequence concrete.

Pour la feve (englais) http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00226888#page-1
il dit aussi que l'autofertilité est heritable.

promneur