Le mécanisme fondamental de l'entraînement est la surcompensation.
Quand tu provoques une surchage sur les tissus, il se produit des microtraumatismes (éclatement de fibres, écrasement de cellules, microfissures, épuisement des neurotransmetteurs, accumulation de toxines métaboliques etc....). Ces perturbations sont "encaissées", et "mémorisées" par les tissus, cellules, et organes.
Il s'ensuit le processus de récupération de l'effort (période de repos). C'est là qu'intervient la surcompensation: les microtraumatismes provoquent une reconstruction (cicatrisation) modifiée des tissus abîmés, reconstruction qui va dans le sens d'une adaptation à la contrainte initiale qui a provoqué les dégats. Le tissu adapté se montre toujours plus résistant à l'agression que le tissu initial, et c'est la même chose pour le corps entier.
Généralement, l'adaptation s'accompagne d'une reconstruction en excès à titre d'hypetrophie (augmentation du volume des cellules sans augmentation de leur nombre), d'hyperplasie (augmentation du nombre de cellules). Il peut même y avoir modification de certains tissus en d'autres tissus, c'est la métaplasie (apparitions de plaques osseuses souples dans les cuisses des cavaliers, cals des karatékas sur les phalanges).
Après, les facteurs de croissance sont essentiellement biochimiques, avec les hormones, bien connues, mais il existe je crois des facteurs de croissance plus "petits" (molécules lègères) et très ciblés. Au niveau moléculaire, on ne sait d'ailleurs pas forcément comment ça marche exactement dans tel ou tel cas....